Alguns dos ministros do STF consideram que as penas impostas por Cezar Peluso a João Paulo Cunha foram pequenas.
A expectativa era de que, por tratar como agravante o fato de João Paulo ser presidente da Câmara na época dos crimes, as penas de corrupção e peculato, que variam de dois a doze anos deveriam, deveriam girar em torno de cinco a seis anos, e não três como fixou Peluso.