João Pedro Gebran Neto é conhecido pela rigidez, por aplicar penas severas e pela concessão de poucos habeas corpus. É considerado o desembargador que toma as decisões mais duras dentro do TRF-4. E ele é o relator dos processos da Operação Lava Jato no tribunal. A amizade dele com o juiz Sergio Moro foi usada pela defesa de Lula para colocar em suspeita suas decisões. A questão foi negada em ação no Superior Tribunal de Justiça e rechaçada pelo próprio Gebran.
Gebran é autor dos votos que orientaram as mais longas punições no âmbito da Lava Jato, como a de Renato Duque, ex-diretor de serviços da Petrobras. Ele foi condenado a 22 anos de prisão, recorreu e teve a pena ampliada para 44 anos. O desembargador é criticado pelos advogados por raramente atender a pedidos de réus.