Com 100% das urnas apuradas, o candidato do PDT, Waldez Góes, foi reeleito governador do Amapá no segundo turno, com 52,35% ou 191.741 votos válidos.
Seu adversário, João Capiberibe (PSB), teve 47,65%, ou 174.540 votos.
Entre os 511.826 eleitores do Estado, houve 22,88% de abstenções, e os brancos somaram 1,56% e os nulos, 5,64%.
O primeiro turno da eleição ao governo do Amapá foi marcado por uma confusão que chegou a tirar Capi, como é conhecido o candidato do PSB, da disputa do segundo turno.
Um imbróglio com a chapa do PSB e PT fez com que Capi não tivesse nenhum voto contabilizado durante a apuração em 7 de outubro. Ao final da contagem dos votos, o candidato Davi (DEM) chegou a ser anunciado como segundo colocado, atrás de Waldez.
A confusão no Amapá aconteceu por causa de uma decisão do Tribunal Regional Eleitoral do Amapá (TRE-AP), que rejeitou, na sexta-feira (5/10), a candidatura de Marcos Roberto (PT), candidato a vice de Capi. Com o indeferimento do vice, os votos do pessebista foram tratados como nulos. Até a decisão do TRE, Capiberibe liderava as pesquisas de intenção de votos.
Ao final da confusão no primeiro turno, Waldez recebeu 33,5% dos votos e Capi ficou com 30%.